Aspose.Medical DICOM till Text Converter för .NET Knowledge Base
Hur man konverterar flera DICOM-filer till en enda JSON Array

Hur man konverterar flera DICOM-filer till en enda JSON Array

Denna tutorial visar hur man konverterar flera DICOM-filer till en enda JSON-array med hjälp av C#. Detta tillvägagångssätt är idealiskt för dataingenjörer som behöver exportera DIKOM metadata för analysverktyg, databaser eller datapiliner.

Fördelar med JSON Array Export

  • **Bulk Data Processing *:- Importera flera DICOM-filer till databaser i en enda operation.

    • Analysen är redo:- JSON-arrayer kan laddas direkt till Python, Spark eller datalagrar.
    • Kompakta utgångar *- En enda fil som innehåller alla metadata förenklar datahantering.

Förutsättningar: Förbereda miljön

  • Installera Visual Studio eller någon kompatibel .NET IDE.
  • Skapa ett nytt .NET 8 konsolprogram.
  • Installera Aspose.Medical från NuGet Package Manager.
  • Förbered en mapp som innehåller flera DICOM-filer.

Steg för steg guide för att konvertera flera DICOM-filer till JSON Array

Steg 1: Installera Aspose.Medical

Lägg till Aspose.Medicinska biblioteket till ditt projekt med NuGet.

Install-Package Aspose.Medical

Steg 2: Inkludera nödvändiga namnutrymmen

Lägg till hänvisningar till de nödvändiga namnutrymmenna i koden.

using Aspose.Medical.Dicom;
using Aspose.Medical.Dicom.Serialization;

Steg 3: Ladda upp flera DICOM-filer

Ladda upp DICOM-filer från en mapp till en samling.

string inputFolder = @"C:\DicomStudies";
string[] dicomPaths = Directory.GetFiles(inputFolder, "*.dcm");

List<DicomFile> dicomFiles = new();
foreach (string path in dicomPaths)
{
    dicomFiles.Add(DicomFile.Open(path));
}

Steg 4: Extract Dataset Array

Bygg en uppsättning Datasetobjekt från de laddade filerna.

Dataset[] datasets = dicomFiles
    .Select(dcm => dcm.Dataset)
    .ToArray();

Steg 5: Serialisera till JSON Array

Användning DicomJsonSerializer.Serialize med dataset array.

string jsonArray = DicomJsonSerializer.Serialize(datasets, writeIndented: true);

Steg 6: Spara JSON Array

Spara JSON array till en fil.

File.WriteAllText("dicom_studies.json", jsonArray);
Console.WriteLine($"Exported {datasets.Length} DICOM datasets to JSON array.");

Komplett kod Exempel

Här är ett komplett exempel som visar hur man konverterar flera DICOM-filer till en JSON-array:

using Aspose.Medical.Dicom;
using Aspose.Medical.Dicom.Serialization;

string inputFolder = @"C:\DicomStudies";
string outputFile = "dicom_studies.json";

// Get all DICOM files
string[] dicomPaths = Directory.GetFiles(inputFolder, "*.dcm");
Console.WriteLine($"Found {dicomPaths.Length} DICOM files.");

// Load all files
List<DicomFile> dicomFiles = new();
foreach (string path in dicomPaths)
{
    try
    {
        dicomFiles.Add(DicomFile.Open(path));
    }
    catch (Exception ex)
    {
        Console.WriteLine($"Skipping invalid file: {Path.GetFileName(path)}");
    }
}

// Build dataset array
Dataset[] datasets = dicomFiles
    .Select(dcm => dcm.Dataset)
    .ToArray();

// Serialize to JSON array
string jsonArray = DicomJsonSerializer.Serialize(datasets, writeIndented: true);

// Save to file
File.WriteAllText(outputFile, jsonArray);

Console.WriteLine($"Successfully exported {datasets.Length} datasets to {outputFile}");

Exempel på JSON Array Output

Utgången JSON array ser ut så här:

[
  {
    "00080005": { "vr": "CS", "Value": ["ISO_IR 100"] },
    "00100010": { "vr": "PN", "Value": [{ "Alphabetic": "DOE^JOHN" }] },
    "00100020": { "vr": "LO", "Value": ["12345"] }
  },
  {
    "00080005": { "vr": "CS", "Value": ["ISO_IR 100"] },
    "00100010": { "vr": "PN", "Value": [{ "Alphabetic": "SMITH^JANE" }] },
    "00100020": { "vr": "LO", "Value": ["67890"] }
  }
]

Behandling av stora dataset med LINQ

För bättre minnehantering med stora dataset, använd LINQ-prognoser:

using Aspose.Medical.Dicom;
using Aspose.Medical.Dicom.Serialization;

string inputFolder = @"C:\LargeDicomArchive";
string outputFile = "large_export.json";

// Process files lazily to manage memory
Dataset[] datasets = Directory.GetFiles(inputFolder, "*.dcm")
    .Select(path => 
    {
        try
        {
            return DicomFile.Open(path).Dataset;
        }
        catch
        {
            return null;
        }
    })
    .Where(ds => ds != null)
    .ToArray()!;

string jsonArray = DicomJsonSerializer.Serialize(datasets, writeIndented: true);
File.WriteAllText(outputFile, jsonArray);

Console.WriteLine($"Exported {datasets.Length} datasets.");

Lägga till Progress Reporting

För stora matcher lägger du framstegrapportering:

using Aspose.Medical.Dicom;
using Aspose.Medical.Dicom.Serialization;

string inputFolder = @"C:\DicomStudies";
string[] dicomPaths = Directory.GetFiles(inputFolder, "*.dcm");

List<Dataset> datasets = new();
int processed = 0;
int total = dicomPaths.Length;

foreach (string path in dicomPaths)
{
    try
    {
        DicomFile dcm = DicomFile.Open(path);
        datasets.Add(dcm.Dataset);
    }
    catch (Exception ex)
    {
        Console.WriteLine($"Error: {Path.GetFileName(path)} - {ex.Message}");
    }
    
    processed++;
    if (processed % 100 == 0 || processed == total)
    {
        Console.WriteLine($"Progress: {processed}/{total} ({processed * 100 / total}%)");
    }
}

string jsonArray = DicomJsonSerializer.Serialize(datasets.ToArray(), writeIndented: true);
File.WriteAllText("export.json", jsonArray);

Console.WriteLine($"Export complete: {datasets.Count} datasets.");

Importera JSON Array till Analytics Tools

Python Exempel 

import json
import pandas as pd

# Load the exported JSON array
with open('dicom_studies.json', 'r') as f:
    dicom_data = json.load(f)

# Convert to DataFrame for analysis
df = pd.json_normalize(dicom_data)
print(df.head())

Ladda ner till MongoDB 

// Using mongoimport
// mongoimport --db medical --collection studies --jsonArray --file dicom_studies.json

Memoriska överväganden

När du arbetar med mycket stora dataset:

  • Processen i Batcher: Spara filer i batcher av 100-500-filer.
  • Stream Output: Använd strömbaserad serialisering för mycket stora rader.
  • Skapa filer: Säkerställ att DicomFile-objekt avlägsnas efter utvinning av datasets.
// Batch processing example
int batchSize = 100;
string[] allFiles = Directory.GetFiles(inputFolder, "*.dcm");
int batchNumber = 0;

for (int i = 0; i < allFiles.Length; i += batchSize)
{
    string[] batch = allFiles.Skip(i).Take(batchSize).ToArray();
    Dataset[] datasets = batch
        .Select(path => DicomFile.Open(path).Dataset)
        .ToArray();
    
    string batchJson = DicomJsonSerializer.Serialize(datasets, writeIndented: true);
    File.WriteAllText($"batch_{batchNumber++}.json", batchJson);
}

Ytterligare information

  • JSON array-format är idealiskt för massimporter i NoSQL-databaser.
  • Tänk på att komprimera stora JSON-filer för lagringseffektivitet.
  • För streamingscenarier, överväga att använda NDJSON (newline-delimited JSON) format istället.

slutsatser

Denna tutorial har visat dig hur man konverterar flera DICOM-filer till en enda JSON-array i C# med hjälp av Aspose.Medical.Denna metod möjliggör effektiv massdataexport för analys, databasimport och data pipeline integration.

 Svenska