Aspose.Medical DICOM uz teksta konvertētāju .NET zināšanu bāzei
Kā pārvērst vairākas DICOM failus vienā JSON arēnā

Kā pārvērst vairākas DICOM failus vienā JSON arēnā

Šī apmācība rāda, kā pārvērst vairākas DICOM failus vienā JSON līmenī, izmantojot C#. Šis pieeja ir ideāla datu inženieriem, kuriem ir nepieciešams eksportēt DIKOM metadatus analītiskajiem instrumentiem, datu bāzēm vai datu cauruļvadiem.

JSON Array eksporta priekšrocības

  • Bulk datu apstrāde:- Vairāku DICOM ierakstu importēšana datu bāzēs vienā darbībā.

  • Analītiķi ir gatavi:- JSON izkārnījumi var tikt tieši uzlādēti uz Python, Spark vai datu noliktavām.

    • Kompakts iznākums *:- Vienots fails, kas satur visus metadatus, vienkāršo datu pārvaldību.

Priekšnoteikumi: Vides sagatavošana

  • Iestatīt Visual Studio vai jebkuru saderīgu .NET IDE.
  • Izveidojiet jaunu .NET 8 konsoles lietojumprogrammu projektu.
  • Instalējiet Aspose.Medical no NuGet Package Manager.
  • Sagatavojiet mape, kurā ir vairāki DICOM faili.

Pakāpeniski ceļvedis, kā pārvērst vairākas DICOM failus JSON arēnā

1. solis: instalēt Aspose.Medical

Pievienojiet Aspose.Medicīnas bibliotēku savam projektam, izmantojot NuGet.

Install-Package Aspose.Medical

2. solis: Iekļaut nepieciešamos nosaukuma telpas

Pievienojiet atsauces uz pieprasītajiem nosaukuma telpām savā kodā.

using Aspose.Medical.Dicom;
using Aspose.Medical.Dicom.Serialization;

3. solis: uzlādēt vairākus DICOM failus

Lejupielādēt DICOM failus no mapes uz kolekciju.

string inputFolder = @"C:\DicomStudies";
string[] dicomPaths = Directory.GetFiles(inputFolder, "*.dcm");

List<DicomFile> dicomFiles = new();
foreach (string path in dicomPaths)
{
    dicomFiles.Add(DicomFile.Open(path));
}

4. solis: izņemt dataset array

Izveidojiet dataset objektu klāstu no uzlādētajiem failiem.

Dataset[] datasets = dicomFiles
    .Select(dcm => dcm.Dataset)
    .ToArray();

5. solis: Serializējieties uz JSON Array

Use DicomJsonSerializer.Serialize ar dataset array.

string jsonArray = DicomJsonSerializer.Serialize(datasets, writeIndented: true);

6. solis: glabāt JSON array

Saglabājiet JSON array uz failu.

File.WriteAllText("dicom_studies.json", jsonArray);
Console.WriteLine($"Exported {datasets.Length} DICOM datasets to JSON array.");

Kompletā koda piemērs

Šeit ir pilns piemērs, kas parāda, kā konvertēt vairākas DICOM failus uz JSON līniju:

using Aspose.Medical.Dicom;
using Aspose.Medical.Dicom.Serialization;

string inputFolder = @"C:\DicomStudies";
string outputFile = "dicom_studies.json";

// Get all DICOM files
string[] dicomPaths = Directory.GetFiles(inputFolder, "*.dcm");
Console.WriteLine($"Found {dicomPaths.Length} DICOM files.");

// Load all files
List<DicomFile> dicomFiles = new();
foreach (string path in dicomPaths)
{
    try
    {
        dicomFiles.Add(DicomFile.Open(path));
    }
    catch (Exception ex)
    {
        Console.WriteLine($"Skipping invalid file: {Path.GetFileName(path)}");
    }
}

// Build dataset array
Dataset[] datasets = dicomFiles
    .Select(dcm => dcm.Dataset)
    .ToArray();

// Serialize to JSON array
string jsonArray = DicomJsonSerializer.Serialize(datasets, writeIndented: true);

// Save to file
File.WriteAllText(outputFile, jsonArray);

Console.WriteLine($"Successfully exported {datasets.Length} datasets to {outputFile}");

Piemērs JSON Array Output

Izdevējs JSON array izskatās šādi:

[
  {
    "00080005": { "vr": "CS", "Value": ["ISO_IR 100"] },
    "00100010": { "vr": "PN", "Value": [{ "Alphabetic": "DOE^JOHN" }] },
    "00100020": { "vr": "LO", "Value": ["12345"] }
  },
  {
    "00080005": { "vr": "CS", "Value": ["ISO_IR 100"] },
    "00100010": { "vr": "PN", "Value": [{ "Alphabetic": "SMITH^JANE" }] },
    "00100020": { "vr": "LO", "Value": ["67890"] }
  }
]

Lielo datu apstrāde ar LINQ

Lai uzlabotu atmiņas vadību ar lieliem datu komplektiem, izmantojiet LINQ projekcijas:

using Aspose.Medical.Dicom;
using Aspose.Medical.Dicom.Serialization;

string inputFolder = @"C:\LargeDicomArchive";
string outputFile = "large_export.json";

// Process files lazily to manage memory
Dataset[] datasets = Directory.GetFiles(inputFolder, "*.dcm")
    .Select(path => 
    {
        try
        {
            return DicomFile.Open(path).Dataset;
        }
        catch
        {
            return null;
        }
    })
    .Where(ds => ds != null)
    .ToArray()!;

string jsonArray = DicomJsonSerializer.Serialize(datasets, writeIndented: true);
File.WriteAllText(outputFile, jsonArray);

Console.WriteLine($"Exported {datasets.Length} datasets.");

Papildināt progresa ziņošanu

Lieliem spēkiem pievienojiet progresa ziņojumu:

using Aspose.Medical.Dicom;
using Aspose.Medical.Dicom.Serialization;

string inputFolder = @"C:\DicomStudies";
string[] dicomPaths = Directory.GetFiles(inputFolder, "*.dcm");

List<Dataset> datasets = new();
int processed = 0;
int total = dicomPaths.Length;

foreach (string path in dicomPaths)
{
    try
    {
        DicomFile dcm = DicomFile.Open(path);
        datasets.Add(dcm.Dataset);
    }
    catch (Exception ex)
    {
        Console.WriteLine($"Error: {Path.GetFileName(path)} - {ex.Message}");
    }
    
    processed++;
    if (processed % 100 == 0 || processed == total)
    {
        Console.WriteLine($"Progress: {processed}/{total} ({processed * 100 / total}%)");
    }
}

string jsonArray = DicomJsonSerializer.Serialize(datasets.ToArray(), writeIndented: true);
File.WriteAllText("export.json", jsonArray);

Console.WriteLine($"Export complete: {datasets.Count} datasets.");

Importēšana JSON Array Analytics rīkiem

Python piemērs 

import json
import pandas as pd

# Load the exported JSON array
with open('dicom_studies.json', 'r') as f:
    dicom_data = json.load(f)

# Convert to DataFrame for analysis
df = pd.json_normalize(dicom_data)
print(df.head())

Lejupielādēt uz MongoDB 

// Using mongoimport
// mongoimport --db medical --collection studies --jsonArray --file dicom_studies.json

Atmiņas apsvērumi

Darbojoties ar ļoti lieliem datu komplektiem:

  • Process Batches: sadalīt failus 100-500 failu batžos.
  • Stream Output: Izmantojiet serijalizāciju, kas balstīta uz plūsmu, ļoti lieliem riteņiem.
  • Dispose Files: Pārliecinieties, ka DicomFile objekti tiek izdzēsti pēc datnesetu ekstrakcijas.
// Batch processing example
int batchSize = 100;
string[] allFiles = Directory.GetFiles(inputFolder, "*.dcm");
int batchNumber = 0;

for (int i = 0; i < allFiles.Length; i += batchSize)
{
    string[] batch = allFiles.Skip(i).Take(batchSize).ToArray();
    Dataset[] datasets = batch
        .Select(path => DicomFile.Open(path).Dataset)
        .ToArray();
    
    string batchJson = DicomJsonSerializer.Serialize(datasets, writeIndented: true);
    File.WriteAllText($"batch_{batchNumber++}.json", batchJson);
}

Papildu informācija

  • JSON array formāts ir ideāls masveida importam uz NoSQL datu bāzēm.
  • Apsveriet lielu JSON failu kompresēšanu uzglabāšanas efektivitātei.
  • Pārraides scenāriju gadījumā apsveriet NDJSON (newline-delimited JSON) formāta izmantošanu.

Conclusion

Šī apmācība ir parādījusi, kā konvertēt vairākas DICOM failus vienā JSON līmenī C#, izmantojot Aspose.Medical.Šis pieeja ļauj efektīvu kopējo datu eksportu analīzei, datu bāzes importam un datu cauruļvadu integrācijai.

 Latviski