デコム研究のフォルダーを匿名化する方法

デコム研究のフォルダーを匿名化する方法

このチュートリアルは、C#を使用したフォルダーから複数のDICOMファイルを匿名化する方法を示しています 医療イメージファイルの数百または数千で作業するとき、バッチ処理は効率性と一貫性のために不可欠です。

バッチ匿名化の利点

  • 効率性:- 全ての研究やアーカイブを一つの操作で処理します。

  • 一貫性:- すべてのファイルに同じ匿名化ルールを適用します。

  • 自動化:- 自動作業流やパイプラインに統合します。

原題: Preparing the Environment

  • Visual Studio または 互換性のある .NET IDE を設定します.
  • 新しい .NET 8 コンソールアプリケーションプロジェクトを作成します。
  • NuGet Package Manager から Aspose.Medical をインストールします。
  • 入力フォルダーを DICOM ファイルで準備し、出力を作成します。

ステップアップ バッチ 匿名化 DICOM ファイルのガイド

ステップ1:インストール Aspose.Medical

NuGet を使用してプロジェクトに Aspose.Medical ライブラリを追加します。

Install-Package Aspose.Medical

ステップ2:必要な名称スペースを含む

あなたのコードに必要な名称スペースへの参照を追加します.

using Aspose.Medical.Dicom;
using Aspose.Medical.Dicom.Anonymization;

ステップ3:ディレクトリパス設定

入力と出力ディレクトリのルートを設定します。

string inputDirectory = @"C:\DicomStudies\Input";
string outputDirectory = @"C:\DicomStudies\Anonymized";

// Ensure output directory exists
Directory.CreateDirectory(outputDirectory);

ステップ4:DICOMファイルをリストする

入力ディレクトリからすべての DICOM ファイルを取得し、サブドキュメントを含む。

string[] dicomFiles = Directory.GetFiles(
    inputDirectory, 
    "*.dcm", 
    SearchOption.AllDirectories
);

Console.WriteLine($"Found {dicomFiles.Length} DICOM files to process.");

ステップ5:匿名化を作成する

あなたの望ましいプロフィールで匿名化の例を作成します。

Anonymizer anonymizer = new();
// Or with a custom profile:
// ConfidentialityProfile profile = ConfidentialityProfile.CreateDefault(
//     ConfidentialityProfileOptions.BasicProfile
// );
// Anonymizer anonymizer = new(profile);

ステップ6:各ファイルの処理

各ファイルを通過して、匿名化し、出力ディレクトリに保存します。

int successCount = 0;
int failCount = 0;

foreach (string filePath in dicomFiles)
{
    try
    {
        // Load DICOM file
        DicomFile dcm = DicomFile.Open(filePath);
        
        // Anonymize
        DicomFile anonymizedDcm = anonymizer.Anonymize(dcm);
        
        // Preserve relative directory structure
        string relativePath = Path.GetRelativePath(inputDirectory, filePath);
        string outputPath = Path.Combine(outputDirectory, relativePath);
        
        // Ensure subdirectory exists
        Directory.CreateDirectory(Path.GetDirectoryName(outputPath)!);
        
        // Save anonymized file
        anonymizedDcm.Save(outputPath);
        
        successCount++;
        Console.WriteLine($"✓ Processed: {relativePath}");
    }
    catch (Exception ex)
    {
        failCount++;
        Console.WriteLine($"✗ Failed: {filePath} - {ex.Message}");
    }
}

Console.WriteLine($"\nCompleted: {successCount} succeeded, {failCount} failed.");

バッチ匿名化のための完全なコード例

以下は、進歩報告とバッチ匿名化を示す完全な例です:

using Aspose.Medical.Dicom;
using Aspose.Medical.Dicom.Anonymization;

string inputDirectory = @"C:\DicomStudies\Input";
string outputDirectory = @"C:\DicomStudies\Anonymized";

// Ensure output directory exists
Directory.CreateDirectory(outputDirectory);

// Get all DICOM files
string[] dicomFiles = Directory.GetFiles(inputDirectory, "*.dcm", SearchOption.AllDirectories);
Console.WriteLine($"Found {dicomFiles.Length} DICOM files to process.\n");

// Create anonymizer
Anonymizer anonymizer = new();

int successCount = 0;
int failCount = 0;
int total = dicomFiles.Length;

foreach (string filePath in dicomFiles)
{
    try
    {
        DicomFile dcm = DicomFile.Open(filePath);
        DicomFile anonymizedDcm = anonymizer.Anonymize(dcm);
        
        string relativePath = Path.GetRelativePath(inputDirectory, filePath);
        string outputPath = Path.Combine(outputDirectory, relativePath);
        Directory.CreateDirectory(Path.GetDirectoryName(outputPath)!);
        
        anonymizedDcm.Save(outputPath);
        successCount++;
        
        // Progress reporting
        double progress = (double)(successCount + failCount) / total * 100;
        Console.WriteLine($"[{progress:F1}%] ✓ {relativePath}");
    }
    catch (Exception ex)
    {
        failCount++;
        Console.WriteLine($"✗ Failed: {Path.GetFileName(filePath)} - {ex.Message}");
    }
}

Console.WriteLine($"\n========================================");
Console.WriteLine($"Batch Anonymization Complete");
Console.WriteLine($"Succeeded: {successCount}");
Console.WriteLine($"Failed: {failCount}");
Console.WriteLine($"========================================");

より良いパフォーマンスのためのパラレル処理

大型データセットでは、複数のCPUコアを活用するために並行処理を使用します。

using Aspose.Medical.Dicom;
using Aspose.Medical.Dicom.Anonymization;
using System.Collections.Concurrent;

string inputDirectory = @"C:\DicomStudies\Input";
string outputDirectory = @"C:\DicomStudies\Anonymized";

Directory.CreateDirectory(outputDirectory);

string[] dicomFiles = Directory.GetFiles(inputDirectory, "*.dcm", SearchOption.AllDirectories);
Console.WriteLine($"Found {dicomFiles.Length} DICOM files to process.\n");

// Thread-safe counters
int successCount = 0;
int failCount = 0;
ConcurrentBag<string> failedFiles = new();

// Process in parallel
Parallel.ForEach(dicomFiles, new ParallelOptions { MaxDegreeOfParallelism = Environment.ProcessorCount }, filePath =>
{
    try
    {
        // Each thread gets its own anonymizer instance
        Anonymizer anonymizer = new();
        
        DicomFile dcm = DicomFile.Open(filePath);
        DicomFile anonymizedDcm = anonymizer.Anonymize(dcm);
        
        string relativePath = Path.GetRelativePath(inputDirectory, filePath);
        string outputPath = Path.Combine(outputDirectory, relativePath);
        
        lock (outputDirectory) // Ensure directory creation is thread-safe
        {
            Directory.CreateDirectory(Path.GetDirectoryName(outputPath)!);
        }
        
        anonymizedDcm.Save(outputPath);
        Interlocked.Increment(ref successCount);
    }
    catch (Exception ex)
    {
        Interlocked.Increment(ref failCount);
        failedFiles.Add($"{filePath}: {ex.Message}");
    }
});

Console.WriteLine($"\nBatch Anonymization Complete");
Console.WriteLine($"Succeeded: {successCount}");
Console.WriteLine($"Failed: {failCount}");

if (failedFiles.Any())
{
    Console.WriteLine($"\nFailed files:");
    foreach (string failure in failedFiles)
    {
        Console.WriteLine($"  - {failure}");
    }
}

アップグレードバージョン ログイン

生産環境では、適切なログインを実施します:

using Aspose.Medical.Dicom;
using Aspose.Medical.Dicom.Anonymization;

string inputDirectory = @"C:\DicomStudies\Input";
string outputDirectory = @"C:\DicomStudies\Anonymized";
string logFile = Path.Combine(outputDirectory, "anonymization_log.txt");

Directory.CreateDirectory(outputDirectory);

string[] dicomFiles = Directory.GetFiles(inputDirectory, "*.dcm", SearchOption.AllDirectories);

Anonymizer anonymizer = new();
List<string> logEntries = new();

logEntries.Add($"Anonymization started: {DateTime.Now}");
logEntries.Add($"Input directory: {inputDirectory}");
logEntries.Add($"Output directory: {outputDirectory}");
logEntries.Add($"Total files to process: {dicomFiles.Length}");
logEntries.Add("---");

int successCount = 0;
int failCount = 0;

foreach (string filePath in dicomFiles)
{
    string relativePath = Path.GetRelativePath(inputDirectory, filePath);
    
    try
    {
        DicomFile dcm = DicomFile.Open(filePath);
        DicomFile anonymizedDcm = anonymizer.Anonymize(dcm);
        
        string outputPath = Path.Combine(outputDirectory, relativePath);
        Directory.CreateDirectory(Path.GetDirectoryName(outputPath)!);
        anonymizedDcm.Save(outputPath);
        
        successCount++;
        logEntries.Add($"SUCCESS: {relativePath}");
    }
    catch (Exception ex)
    {
        failCount++;
        logEntries.Add($"FAILED: {relativePath} - {ex.Message}");
    }
}

logEntries.Add("---");
logEntries.Add($"Anonymization completed: {DateTime.Now}");
logEntries.Add($"Succeeded: {successCount}");
logEntries.Add($"Failed: {failCount}");

// Write log file
File.WriteAllLines(logFile, logEntries);

Console.WriteLine($"Processing complete. Log saved to: {logFile}");

バッチ処理のための最良の実践

  • Run on Copy of Data: オリジナルのデータのコピーを常に処理し、元のデータ自体ではない。
  • Log All Operations: 処理されたファイルの詳細なログを保存し、エラーが発生しました。
  • テストファースト:データセット全体を処理する前に小さなサンプルで実行します。
  • モニターディスクスペース: 出力ファイルのための十分なディスプレートを確保します。
  • Handle Interruptions:非常に大きなバッチのためのチェックポイント/リズム機能の実装を検討します。

Troubleshooting

大型データセットのメモリ問題

非常に大きいファイルやデータセットでは、参照を保持せずに一度にファイルを処理します。

foreach (string filePath in dicomFiles)
{
    using (DicomFile dcm = DicomFile.Open(filePath))
    {
        DicomFile anonymizedDcm = anonymizer.Anonymize(dcm);
        anonymizedDcm.Save(outputPath);
    }
    // Files are disposed after each iteration
}

許可エラー

アプリケーションが入力ディレクトリへのアクセスを読んでおり、出力ドレクターへのアクセスを書いていることを確認します。

結論

このチュートリアルは、Aspose.Medical を使用して C# で DICOM ファイルを匿名化する方法を示しています. 数百または数千のファイルが処理されるかどうかにかかわらず、バッチアプローチはデータセット全体を通じて一貫した匿名的化を保証し、生産の信頼性のために進歩の追跡とエラー処理を提供します。

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